Kepengurusan pertama adalah periode Al-Akh Fahri Hamzah, yakni sejak Deklarasi sampai Muktamar I di Bekasi pada bulan November 1998. Periode ini memfokuskan aktivitasnya kepada aktualisasi jaringan nasional untuk mengambil peran historis secara heroik dalam proses reformasi di Indonesia, yakni dengan menggiatkan aksi secara simultan, merata, kontinyu, dan menegaskan komitmen reformasi yang jelas. Periode ini adalah masa launching ke hadapan publik dan positioning awal KAMMI sebagai elemen gerakan mahasiswa yang diharap selalu mengambil peran terdepan dalam perjalanan sejarah Indonesia.
Periode kedua adalah masa Al-Akh Fitra Arsil, yang terpilih untuk menggantikan akh Fahri dalam Muktamar I dan menjalankan amanah sampai Muktamar II di Yogyakarta pada bulan November 2000. Periode ini memiliki tugas untuk secara serius menata infrastruktur organisasi KAMMI yang establish dan merancang sistem kaderisasi KAMMI yang lebih terstruktur. Juga melakukan berbagai aksi sosial dan kemanusiaan untuk ikut mengatasi beban rakyat yang ditimbulkan oleh krisis berkepanjangan.
Periode ketiga adalah masa Al-Akh Andi Rahmat yang terpilih dalam Muktamar II KAMMI di Yogyakarta dan direncanakan menjabat sampai tahun 2002. Periode ini menekankan pentingnya positioning strategis KAMMI di tengah pluralitas gerakan yang ingin mewarnai proses transisi di Indonesia. Namun hal tersebut tidak berlangsung lama, akh Andi Rahmat menyatakan mundur dari jabatannya pada bulan Maret 2001.
Menyikapi hal tersebut, Badan Permusyawaratan (BP) KAMMI Pusat berinisiatif untuk menyelenggarakan Muktamar Luar Biasa (MLB) KAMMI di Bandung pada tanggal 20-22 April 2001. Muktamar tersebut memutuskan untuk mengubah sistem kepemimpinan terpusat menjadi sistem kepemimpinan kolektif, yang akhirnya memilih sembilan orang sebagai anggota Pimpinan Pusat (PP) KAMMI, yakni:
Muktamar III Lampung tanggal 1-9 September 2002 memutuskan untuk memilih:
Selain itu juga dipilih anggota Pimpinan Pusat (PP) KAMMI, yakni
Muktamar IV Tahun 2004 Di Samarinda Kalimantan Timur Memutuskan Untuk Memilih
Muktamar V Tahun 2006 Di Palembang Sumatera Selatan Memutuskan Untuk Memilih
Muktamar VI Tahun 2008 di Makassar Sulawesi Selatan Memutuskan Untuk Memilih
Kepengurusan Akh Rahman Toha ( Amang ) seharusnya sampai 2010,Akan tetapi memasuki tahun 2009 dan munculnya Momentum politik ( Pemilu Legislatif dan Pemilu Presiden ) terjadi Gejolak Di internal Organisasi dan Kader KAMMI. Maka atas desakan Struktur KAMMI Wilayah dan Daerah maka MPP mengadakan Musyawarah Luar biasa yag di laksanakan tahun 2009 di jakarta.
dalam Musyawarah Luar Biasa KAMMI Memustuskan untuk Mencabut Mandat kepemimpinan akh Rahman toha dan Fikri Aziz. Serta memilih :
Muktamar VII Pada tahun 2011 Di Aceh memutuskan :
Muktamar VIII pada tahun 2013 Di Tangsel memutuskan :
Periode kedua adalah masa Al-Akh Fitra Arsil, yang terpilih untuk menggantikan akh Fahri dalam Muktamar I dan menjalankan amanah sampai Muktamar II di Yogyakarta pada bulan November 2000. Periode ini memiliki tugas untuk secara serius menata infrastruktur organisasi KAMMI yang establish dan merancang sistem kaderisasi KAMMI yang lebih terstruktur. Juga melakukan berbagai aksi sosial dan kemanusiaan untuk ikut mengatasi beban rakyat yang ditimbulkan oleh krisis berkepanjangan.
Periode ketiga adalah masa Al-Akh Andi Rahmat yang terpilih dalam Muktamar II KAMMI di Yogyakarta dan direncanakan menjabat sampai tahun 2002. Periode ini menekankan pentingnya positioning strategis KAMMI di tengah pluralitas gerakan yang ingin mewarnai proses transisi di Indonesia. Namun hal tersebut tidak berlangsung lama, akh Andi Rahmat menyatakan mundur dari jabatannya pada bulan Maret 2001.
Menyikapi hal tersebut, Badan Permusyawaratan (BP) KAMMI Pusat berinisiatif untuk menyelenggarakan Muktamar Luar Biasa (MLB) KAMMI di Bandung pada tanggal 20-22 April 2001. Muktamar tersebut memutuskan untuk mengubah sistem kepemimpinan terpusat menjadi sistem kepemimpinan kolektif, yang akhirnya memilih sembilan orang sebagai anggota Pimpinan Pusat (PP) KAMMI, yakni:
- Akbar Zulfakar (Ketua Umum);
- Purwoko Kurniawan (Ketua Kaderisasi);
- Muhammad Badaruddin (Ketua Kastrat);
- Elvis Bakri (Ketua Teritorial/KT I);
- Ach. Fauzi I. (KT-II);
- Supriyadi (KT-III);
- Hermawan (KT-IV);
- Suparmono (KT-V); dan
- Yusran (KT-VI).
Muktamar III Lampung tanggal 1-9 September 2002 memutuskan untuk memilih:
- Muhammad Hermawan, S.Si sebagai Ketua Umum dan
- Fahmi Rusdi, LC sebagai Sekretaris Jendral,
Selain itu juga dipilih anggota Pimpinan Pusat (PP) KAMMI, yakni
- Marwansyah (Ketua Teritorial/KT I);
- Febriansyah (KT-II);
- Yuli Widi Astono (KT-III);
- Teguh, ST (KT-IV);
- Imron Rosyadi (KT-V); dan
- M. Dwi Tanjuri(KT-VI),
- Jauhari (KT-VII).
Muktamar IV Tahun 2004 Di Samarinda Kalimantan Timur Memutuskan Untuk Memilih
- Yuli Widiastono Sebagai Ketua Umum Dan
- Febriansyah Sebagai Sekretaris Jenderal
Muktamar V Tahun 2006 Di Palembang Sumatera Selatan Memutuskan Untuk Memilih
- Taufiq Amrullah Sebagai Ketua Umum
- Rahman Toha Sebagai Sekretaris Jenderal
Muktamar VI Tahun 2008 di Makassar Sulawesi Selatan Memutuskan Untuk Memilih
- Rahman Toha Sebagai Ketua Umum dan
- Fikri Aziz Sebagai Sekretaris Jenderal
Kepengurusan Akh Rahman Toha ( Amang ) seharusnya sampai 2010,Akan tetapi memasuki tahun 2009 dan munculnya Momentum politik ( Pemilu Legislatif dan Pemilu Presiden ) terjadi Gejolak Di internal Organisasi dan Kader KAMMI. Maka atas desakan Struktur KAMMI Wilayah dan Daerah maka MPP mengadakan Musyawarah Luar biasa yag di laksanakan tahun 2009 di jakarta.
dalam Musyawarah Luar Biasa KAMMI Memustuskan untuk Mencabut Mandat kepemimpinan akh Rahman toha dan Fikri Aziz. Serta memilih :
- Rijalul Imam Sebagai Ketua Umum
- Deni Priatno Sebagai Sekretaris Jenderal
Muktamar VII Pada tahun 2011 Di Aceh memutuskan :
- Muhammad Ilyas, Lc Sebagai Ketua Umum
- Andriyana, ST Sebagai Sekretaris Jenderal
Muktamar VIII pada tahun 2013 Di Tangsel memutuskan :
- Andriyana, ST Sebagai Ketua Umum
- Hadi Prayitno, Sebagai Sekertaris Jendral
Perjalanan Kepengurusan KAMMI